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7 世纪伊斯兰兴起后，罗马联邦与新兴势力签订《孟菲斯条约》（642 年），埃及保留在联邦体系内，但享有宗教自治权。这一妥协使得伊斯兰教在埃及传播，但未导致政治分裂。十字军东征期间，埃及大区作为联邦后勤基地，避免了战火直接破坏。

13 世纪至 15 世纪，马穆鲁克军事阶层被纳入联邦边防军体系，负责红海沿岸防御。这一时期，开罗发展为内陆行政中心，与沿海的亚历山大里亚形成双核心格局。